A terceira fase da Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2024 marcou a eliminação de quase metade dos representantes da Série A do Brasileirão, com nove clubes que competirão na elite nacional neste ano já fora do torneio de base. Dos nove, oito foram derrotados no início da fase eliminatória, enquanto um não conseguiu avançar além da fase de grupos.
Clubes como Atlético (MG), Bragantino, Botafogo, Cuiabá, Fluminense, Internacional, Juventude e Vasco foram eliminados nos duelos da segunda fase. O Internacional, único entre esses times que avançou em segundo lugar em seu grupo, e o Vasco foram derrotados por outras equipes da Série A, Fortaleza e Vitória, respectivamente.
O Bahia, por sua vez, não conseguiu passar da fase de grupos, terminando em terceiro no Grupo 21, sem conquistar nenhuma vitória, enquanto Bragantino e Atlético Guaratinguetá garantiram a vaga para a segunda fase.
Entre os times que continuam na competição, Athletico (PR), Corinthians e São Paulo avançaram para a terceira fase nos pênaltis. O Athletico venceu o Tanabi, o Corinthians superou o Guarani, e o São Paulo eliminou o Ceará.
Atlético (GO), Cruzeiro, Flamengo, Fortaleza, Grêmio, Palmeiras, Vitória e Criciúma são os outros times da Série A que conseguiram a classificação. Além deles, o Santos, outro clube tradicional, também avançou na Copinha.
Resultados dos jogos dos times da Série A na 2ª fase:
- Tanabi 1 x 1 Athletico (PR) (1×4 nos pênaltis)
- Grêmio 4 x 1 Mirassol
- Botafogo 0 x 2 Novorizontino
- Ceará 1 x 1 São Paulo (2×4 nos pênaltis)
- Atlético-GO 5 x 1 Marília
- Corinthians 2 x 2 Guarani (5×4 nos pênaltis)
- Fortaleza 4 x 0 Internacional
- Fluminense 2 x 3 Ituano
- Atlético-MG 0 x 1 Sfera
- Flamengo 1 x 0 Náutico
- Red Bull Bragantino 0 x 0 Taubaté (2×3 nos pênaltis)
- Cuiabá 0 x 1 Atlético Guaratinguetá
- Palmeiras 3 x 1 Sport
- Juventude 1 x 2 Água Santa
- Cruzeiro 1 x 0 Madureira
- Vasco 1 x 4 Vitória
- Criciúma 2 x 1 São Carlense
